Hola @SSorianoA , lo primero que intentaría asegurar es que el usuario que utilizas para conectarte desde la Galería del Server es el mismo que el que utilizas tú para lanzar la query en SQL Server, no vaya a ser que son usuarios distintos con distintos privilegios de lectura en distintas tablas.
Por otra parte, ¿sabes si esto es un problema que ocurre sólo en la galería, o en Alteryx Designer ocurre lo mismo?
Como última comprobación, es probable que algún tipo de dato Alteryx no lo pudiera cargar, si son columnas de tipos raros como Geometry o Geography, no sé si este será tu caso pero sería bueno confirmar si existe este tipo de datos en esa tabla problemática.
Un saludo
