Oi @hugoscaper tudo bem?
Primeiro bem vindo à comunidade.
Existem algumas formas para você fazer isso. A melhor delas seria você ler os dois arquivos, quebrar eles em colunas e se tiver campos de chave entre eles usar o JOIN com essa chave para fazer a validação.
Com o Join você conseguira ter quem está nos dois, quem está só no primeiro arquivo e quem está só no segundo arquivo.
Recomendo que você de uma olhada nos links abaixo que podem te ajudar a aprender mais:
https://community.alteryx.com/t5/Licoes-interativas-Portugues/Separar-dados-em-linhas-e-colunas/ta-p...
https://community.alteryx.com/t5/Licoes-interativas-Portugues/Combinar-dados-com-a-ferramenta-Juncao...
E claro pode sempre contar com a gente aqui da comunidade para te ajudar
Abraços
Carlos A Teixeira