Hola,
Si ves los mensajes, los archivos definitivamente no tienen la misma estructura.
Habría que revisar uno que sí fue leído (suele ser el primero) y uno que no, para ver dónde están las diferencias.
Un caso muy común, es que tengas un delimitador (una coma por ejemplo) dentro de los datos. esto hace que , al existir un separador adicional, se interprete como una campo adicional.
A tu pregunta '¿Hay alguna forma de cargar igualmente, más allá de las diferencias, los datos en un solo campo y luego tratar el fichero?": Si, es posible si utilizas \n (New line) como delimitador, cada línea se cargará en un registro dentro de un único campo.
NOTA: Recuerda configurar el largo del campo a algo que pueda contener los datos actuales (En el ejemplo, yo puse 5000)
El resultado sería este:
